En concordancia con lo dispuesto en el Reglamento de Régimen Académico nacional, la Universidad desarrolla dos tipos de investigación:
1. Investigación formativa: – Se realiza a lo largo de los planes de estudio de toda carrera o programa y vincula de manera indisoluble las tres funciones sustantivas de la educación superior mediante metodologías específicas, innovadoras, flexibles e interculturales. Se concreta en desafíos comunitarios que son proyectos de investigación acción, ejecutados por colectivos de aprendizaje en acuerdo con actores sociales, en respuesta a las demandas de tales actores.
2. Investigación de carácter académico-científico: Se realiza mediante programas y proyectos de investigación acción, intercultural y aplicada, surgidos desde las demandas sociales, que requieren equipos interdisciplinarios más complejos y de un horizonte temporal más amplio. Los programas y proyectos de investigación académico-científica se convierten en el marco orientador de la investigación formativa y, a su vez, se alimentan de las reflexiones, hallazgos y resultados que ocurren en la ejecución de los desafíos comunitarios.
La Universidad establecerá cuatrienalmente las líneas de investigación del ciclo. Las líneas vigentes son:
1. Soberanía epistémica:– Se orienta a la sistematización de los conocimientos y saberes de las diversas culturas subalternizadas, para ponerlas en diálogo con las epistemologías dominantes y así lograr comprensiones integrales de la realidad.
2. Lengua y cultura: Se orienta a profundizar la comprensión de la diversidad cultural y lingüística para generar estrategias de fortalecimiento y revitalización.
3. Tecnologías para la vida: Se orienta a la creación de innovaciones tecnológicas o ingenios para la vida, a partir de los saberes y conocimientos de todos los grupos socioculturales del país para ponerlos al servicio de la transformación social y el Buen Vivir.